本遊戲的冒險舞台是以廣大自然景觀為特色的「洗翠地區」。那是尚未有寶可夢訓練家或寶可夢聯盟等概念的過去時代的故事，這個地方最終將被稱作「神奧地區」。

主角冒險目的，是要製作這個地區第一本寶可夢圖鑑。以與研究寶可夢生態的「拉苯博士」的相遇為契機，主角作為以「祝慶村」為據點進行活動的「銀河隊」的成員，對寶可夢的生態展開調查。

在遊戲世界縱橫馳騁，捕捉許多寶可夢來逐步完成圖鑑這個《寶可夢》系列代代傳承下來的遊戲特色之外，還增加了嶄新的動作要素。 配合棲息在自然環境中的寶可夢們的行動，一邊隱藏一邊接近，瞄準目標投擲精靈球來捕捉寶可夢，又或是以對戰消耗寶可夢的體力來捕捉，帶來有別於至今《寶可夢》系列的遊戲特色。

另外，除了增加「剛猛」和「迅疾」等嶄新的對戰系統，全新登場的寶可夢，以及與在其他地區長相不同的寶可夢也會現身。 能夠享受與寶可夢們的嶄新冒險。

握有故事關鍵的寶可夢——「阿爾宙斯」 傳說中孕育出世界萬物的寶可夢，到底和這個故事有怎樣的關係呢？